Vak: Statistiek 3 credits: 3

Vakcode
BFVH3STA3
Naam
Statistiek 3
Studiejaar
2022-2023
ECTS credits
3
Taal
Nederlands
Coördinator
M.E.F. Apol
Werkvormen
  • Hoorcollege
  • Werkcollege
Toetsen
  • Statistiek 3 - Computer, eigen organisatie

Leeruitkomsten

Na afloop van deze module kan de student:
  • Microarray data preprocessen (background correctie, normalisatie, log-transformatie)
  • Continue (genexpressie) data analyseren met parametrische toetsen (1-sample, 2-sample (Welch) en gepaarde t-toetsen, 1-way ANOVA en 2-way ANOVA met blocking)
  • Effectsterktes voor deze parametrische toetsen berekenen en interpreteren
  • Multiple-toetsing correcties (Bonferroni, Holm, Benjamini-Hochberg) voor parametrische toetsen toepassen
  • Genen en/of samples op basis van genexpressiedata clusteren via hiërarchische en k-means clustering methoden, en daar dendrogrammen en heatmaps van maken
  • Discrete data analyseren met categorische toetsen (1-sample en 2-sample z-toetsen, 1-way en 2-way chi-kwadraat toetsen)
  • Effectsterktes voor deze categorische toetsen berekenen en interpreteren
  • R, RStudio en enkele extra libraries gebruiken bij deze analyses

Inhoud

Statistische methoden vormen een belangrijk onderdeel van de toolbox van een bio-informaticus. Statistiek 3 geeft een introductie in hypothese-toetsen, het analyseren van genexpressie (micro-array) gegevens, en het gebruik van R daarbij. Onderwerpen die worden behandeld zijn o.a. t-toetsen en ANOVA, effectsterktes, multiple testing correcties, hierarchische en k-means clustering en heatmaps.

Opgenomen in opleiding(en)

School(s)

  • Instituut voor Life Science & Technology
Terug naar zoekpagina