Vak: Graduation Project credits: 30
- Vakcode
- BFVM22GRAD
- Naam
- Graduation Project
- Studiejaar
- 2022-2023
- ECTS credits
- 30
- Taal
- Engels
- Coördinator
- M. Herber
- Werkvormen
-
- Hoorcollege
- Toetsen
-
- TOETS-01 - Overige toetsing
Leeruitkomsten
- Kennis opdoen van bestaande grid-computing systemen.
- Leren programmeren met de Hadoop API (Java/Python).
- Leren hoe bestaande programma’s en algoritmen aan te passen voor gebruik met Hadoop.
Inhoud
Bioinformatici moeten bijzonder grote hoeveelheden data kunnen verwerken; gigabytes zo niet terabytes. Individuele computers zijn hier vaak niet krachtig genoeg voor.
Een oplossing is dan om meerdere computers aan het rekenen te zetten.
Hoe dit te organiseren is een zich continu ontwikkelend veld. In dit vak komt de theorie van een aantal verschillende systemen aan bod (OpenMPI, Condor, SLURM, Hadoop, Spark), en wordt de focus gelegd op het Hadoop systeem.
Dit Grid-computing systeem is erg populair in de "Big Data" wereld maar vergt wel aanpassing van bestaande programma's naar een bepaald format: het Map/Reduce patroon. Aan de hand van de Weka toolkit uit de module Advanced Datamining worden een aantal algoritmen uit Thema 11 aangepast voor Hadoop.
De geleerde technieken zullen verder toegepast worden in het project van Thema 12 "Big Data & Machine Learning". Online documentatie op http://hadoop.apache.org/ en andere webstes. Optioneel boek "Hadoop: the Definitive Guide" van Tom White (O'Reilly, 3rd Edition of later).
Blackboard course thema 12
Een oplossing is dan om meerdere computers aan het rekenen te zetten.
Hoe dit te organiseren is een zich continu ontwikkelend veld. In dit vak komt de theorie van een aantal verschillende systemen aan bod (OpenMPI, Condor, SLURM, Hadoop, Spark), en wordt de focus gelegd op het Hadoop systeem.
Dit Grid-computing systeem is erg populair in de "Big Data" wereld maar vergt wel aanpassing van bestaande programma's naar een bepaald format: het Map/Reduce patroon. Aan de hand van de Weka toolkit uit de module Advanced Datamining worden een aantal algoritmen uit Thema 11 aangepast voor Hadoop.
De geleerde technieken zullen verder toegepast worden in het project van Thema 12 "Big Data & Machine Learning". Online documentatie op http://hadoop.apache.org/ en andere webstes. Optioneel boek "Hadoop: the Definitive Guide" van Tom White (O'Reilly, 3rd Edition of later).
Blackboard course thema 12
Opgenomen in opleiding(en)
School(s)
- Instituut voor Life Science & Technology