Vak: Bio-Informatica 2 credits: 3
- Vakcode
- BOVH3BIN2
- Naam
- Bio-Informatica 2
- Studiejaar
- 2022-2023
- ECTS credits
- 3
- Taal
- Nederlands
- Coördinator
- J. Hageman
- Werkvormen
-
- Hoorcollege
- Toetsen
-
- Bio-Informatica 2 - Overige toetsing
Leeruitkomsten
Aan het einde van de cursus kan de student:
- Sequenties van de NCBI Genbank en Ensmbl verkrijgen
- Leren werken met NCBI Gene en Genome
- BlastN BlastP en BlastX uitvoeren
- Open reading frames in sequenties annoteren
- Eiwit predicties met behulp van diverse webtools uitvoeren
- Alignments van sequenties maken
- In sillico kloneringen en primer design uitvoeren
- Filteren en sorteren van grote datasets met een spreadsheet programma
- Literatuur zoeken met Pubmed
- Microscoopafbeeldingen bewerken met FIJI
Inhoud
Bij Bio-informatica 1 lag de focus op het beheersen van de computer en het gebruik van databanken op een eenvoudig niveau. Bij Bio-informatica 2 worden wederom databanken van de NCBI gebruikt maar de zoekopdrachten worden complexer. Daarnaast wordt ook de Genome Browser Ensembl gebruikt. PCR-simulatie software wordt gebruikt om primers voor PCR te ontwerpen. De PCR producten worden ook gekloond met behulp van klonerings-simulatie software. Een spreadsheet programma wordt gebruikt om gene-array data te analyseren. Daarnaast wordt je kennis met betrekking tot literatuur zoeken op peil gehouden. Je leert microscopische afbeeldingen bewerken met FIJI.
Opgenomen in opleiding(en)
School(s)
- Instituut voor Life Science & Technology